【科研新进展】(45)青年教师在“保留型内含子识别及相关特征”研究方面取得新进展

来源:信息学院 | 作者:范芳娟 | 发布日期:2017-11-10 | 阅读次数:

  近日,《Frontiers in Plant Science》期刊在线发表了信息工程学院软件工程系青年教师毛锐博士的论文“50/50 Expressional Odds of Retention Signifies the Distinction between Retained Introns and Constitutively Spliced Introns in Arabidopsis thaliana”,该论文以我校为第一完成单位,论文第一作者和通讯作者均为毛锐博士。

  内含子保留型可变剪接是植物群体最为普遍发生的可变剪接类型。然而,人们对这些保留型内含子区别于组成型内含子的特征研究尚不充分。论文研究基于多样本的高通量转录本测序数据,设计了在植物群体中具有普适性且精度高的保留型内含子识别新方法,并开发了相关软件包(RIs-CSIs-ID)。利用网格法探索出当保留型内含子相对表达量高于50/50时,引入新的转录本表达量特征,应用随机森林分类器,可以大大提高保留型内含子和组成型内含子的分类精度(AUC=95%)。并在此基础上对两类内含子进行系统比较,首次全面地分析了保留型内含子显著区别于组成型内含子的一系列生物学特征,像剪接位点强度相对较弱,剪接位点两侧序列相似度较高,更低含量的剪接分支位点保守基序“YTRAY”,特别是对多样本中同时发生内含子保留型可变剪接的556个基因进行KEGG通路分析,突显了RNA-Binding proteins富集等 。这些特征能够促进人们认识植物群体中可变剪接的复杂机制和其广泛存在的作用。

  《Frontiers in Plant Science》是国际植物科学综合性学术期刊,近4年的平均影响因子为4.298。

  文章链接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2017.01728/full


编辑:张晴     终审:薛建鹏