1935年夏，为建设西北，我国近代园艺事业奠基人、著名园艺学家吴耕民接受国立西北农林专科学校校长于右任邀请，任农专园艺系主任、教授，兼任园艺场场长和高职主任。来武功时，不仅带了学生谭其猛、屠锷，还特地在青岛挑选了10名园艺技工一同前往。

来到农专，吴耕民深感当地经济和农业生产落后。农专所在地武功张家岗地势高且缺水，果蔬花木不易生长，菜价昂贵，百姓无力购买，每日三餐均以俗称“四大金刚”的盐、醋、酱油、辣椒佐餐。

“本校地处西北，对于本地民众生活上最感切要之蔬菜改进，责无旁贷。” 吴耕民在《本校园艺组蔬菜栽培试验方针》中提出通过品种、栽培技术改良和推广等措施，改善当地百姓生活，增进人民健康，促进西北果蔬观赏植物发展。为此，吴耕民千方百计从日本和山东各处购来苹果、梨、桃、柿、葡萄 1.3万株，大白菜、番茄、甘蓝和瓜类等各种蔬菜和观赏树木、花卉优良品种，“由于伟大水利专家李仪祉教授当时任水利系主任，设堰掘渠，引渭河水灌溉，试种成绩良好。”吴耕民回忆道。

筹建于1933年的西农园艺场分果树、花卉蔬菜、苗圃三区，占地面积700余亩，在当时国内农林院校中规模最大。其中果树区位于二道塬，花卉蔬菜区位于三道塬，前临渭水。栽培苹果、桃、杏、李、犁、枣、樱桃、葡萄等11种，观赏树木32种，花卉323种，蔬菜175种，为教学实习和生产推广创造了良好的条件。

教学中，吴耕民理论联系实际，强调“学习除口到、眼到、心到外，还要手到、足到。所谓手到是练习实践，足到是多作实地考察。”他十分重视现场教学，亲自带领学生实习。他尤其擅长果树修剪，对桃、梨、葡萄等的短截和疏枝两种修剪方法操作熟练，得心应手，通过现场教学，使学生能很快掌握修剪技术。

吴耕民带领师生积极投入品种选育，在他们的不懈努力下，苹果、梨、桃、葡萄及其他各种蔬菜、花木等均选出适应良种，并将部分果苗栽于陕西省三原县斗口农场。因西北土壤肥厚，气候干燥冷凉，极适合苹果生育，苹果结果累累，从未见过和吃过这样好的苹果的附近农民目睹口尝后，索取种苗试种。

为提高果苗和树木花卉品种的成活率，吴耕民让山东园艺技工为当地老百姓做栽培示范，农民争相栽植，不推自广。“现在陕西、甘肃以及河南、山西等地所发展的苹果，都或多或少与陕西武功张家岗及三原斗口农场所栽苹果相关联。”吴耕民在《我国解放前近代果树园艺的发展概略》一文中回忆道。

此后，苹果先后推广到西北等省，并成为我国优质苹果生产基地。其中陕西苹果面积930余万亩，产量1185余万吨，全世界上每7个苹果中、全国每4个苹果中就有一个来自陕西。可以说，吴耕民当年的努力结下了累累硕果。

作为我国高等园艺教育的开拓者，吴耕民为培养园艺人才作出了突出贡献。1936年，在他的主持下，农专园艺系创建并开始招生。此外，吴耕民参与创建了我国首个高等学校园艺系——东南大学园艺系以及浙江大学农学院园艺系。而他在《一生工作自评》中谦虚地表示：“这三个学校培养了不少园艺科技人员，对我国目前园艺科技事业发展具有一定作用。我仅在创办时略尽一个螺丝钉作用，培育人才应归功于后继教职员工。”

在农专期间，吴耕民在对西北地区果树品种资源调查的基础上，开展了深入的科学总结和理论分析，发表了《山西清源之葡萄》，与谭其猛、屠锷等合作发表了《陕西彬县之梨》《河南灵宝之枣》等论文。

于右任为吴耕民所著《果树园艺学》题写书名

在农专短短两年，吴耕民先后出版《园艺学研究法》《蔬菜园艺学》等专著。其中，《园艺学研究法》被后人称之为 “一部园艺学教学大纲”。他认为，学园艺须对植物学、遗传育种学、植物病理学、普通动物学、经济昆虫学、农艺化学、土壤学、肥料学、农产品利用学、气象气候学、农具学、合作学、农场管理学等加以研究，因为“凡园艺学上所论述者，往往根据上述各科之原则、原理与方法”，这为我国园艺系课程设置和教师队伍构成提供了借鉴。“初步研究法”提出 “选择优良园艺课本”“就实物对照读之，务使书中所言能应用于实地”“应随时随地对园艺植物与其现象注意观察”“实地至园地工作，不可畏辛苦”“应至设备完美之机关从园艺有经验者实习”“应至各产地考察”等六条研究方法，指导如何选择合适教材，坚持理论联系实际，这既是园艺学研究成败的关键，也是吴耕民终身坚持的鲜明治学风格。