我校合并组建以来，本科教育工作以提高人才培养质量为核心，以学生能力培养为重点，以高标准严要求地全面实施“质量工程”和改革人才培养模式为抓手，不断深化教学改革，强化教学管理，在人才培养、专业建设以及教育教学改革方面大胆探索，教育教学工作迈上了一个新的台阶。
以人才培养为主线，以专业建设为龙头，建立了产学研紧密结合的人才培养新体系
2001年，学校提出了“以农林水学科为主，农、理、工、经、管、文、法并举的多学科的专业结构” 的专业建设目标。到2005年，我校本科专业总数达到59个，分布在15个学院（系），涵盖了农、理、工、经、管、文、法七大学科门类。现有本科专业中，农学类专业13个，理学类专业8个，工学类专业23个，管理学类专业8个，经济学类专业3个，法学、文学类专业各2个；非农学类专业中的涉农专业22个，加上农学类专业占到了总专业数的59.3％。到目前，我校本科专业达到64个，涵盖7大学科门类，在校本专科生由7440人增加到20940人。
从2005年开始，学校依托优势学科带动传统优势专业改造，加强了11个省级名牌专业、16个校级名牌专业的建设。进一步提升了葡萄与葡萄酒工程、食品质量与安全、设施农业科学与工程等国内首创特色专业的水平，探索国家生命科学与技术人才培养基地的建设和管理。2005年11月，全校师生接受了教育部普通高等学校本科教学工作水平评估专家组的检阅，取得了“优秀”的好成绩。
不断优化培养方案，探索产学研紧密结合的人才培养新模式
在进行专业结构优化调整的同时，加快进行专业基本建设，先后3次对本科人才培养方案进行了修订，构筑了本科人才培养新模式。
目前，新修订的人才培养方案体现了四个特点：一是学分总量控制，强化专业基础。文、法类总学分控制在165+8学分，理、工、农、经、管类控制在170+8学分。理论教学约占总学分的70%，实验教学约占总学分的10%，综合实践约占总学分的20%。二是提高选修课比例，拓宽专业口径。将选修课的学分比例提高到30%，鼓励学生个性化发展。三是突出实践技能和创新意识培养。将课外科技创新、实践活动纳入培养方案，规定本科生必修创新与技能8学分。四是强调学科交叉，培养学生综合素质。加大公共选修课的开设力度，要求不同学科的学生交叉选课不少于8学分。
不断深化教育教学改革，教学质量稳步提升
教学改革是教学工作的基本手段。十年来，我校围绕人才培养模式，系统推进各项教学改革工作。
基础课程改革取得了较好的效果。设立外语教改基金，采取分级教学、网络教学等方式不断深化外语教学方式改革，效果明显，合校初毕业班全国大学外语四级累计通过率仅为38%。2009年，通过率提高到85%；建立了体育俱乐部制教学改革，努力拓展体育课的时间和空间；通过主题式的社会调查方式，将思政课建设与社会实践教学方面有机结合，革新了授课方式，丰富了教学内容；增加了基础课程学时，整合了植物学、动物学、生态学、土壤学、气象学等课程教学实习，实施生物学综合实习；系统整合了130门专业课程教学内容。
以精品课程建设为导向，打造三级精品课程建设体系。近几年学校共资助建设网络课程137门，校级精品课程121门，双语课程120门，“园艺设施学”等6门被评为国家级精品课程，“葡萄酒品尝学”等40门被评为陕西省精品课程，“普通昆虫学”被评为国家级双语示范课程，“土壤学”等3门课程被评为省级双语示范课程。
教材建设取得了较好成绩。设立教材基金，对获批立项的教材进行资助编写。合校以来，我校教师担任主编出版教材104种，有43部入选国家“十一五”规划教材，91部入选农林院校和行业出版社“十一五”规划教材，有19部获省部级优秀教材。同时，加大对高水平教材的选用力度，近几年选用获奖教材、全国统编教材、规划教材和新版教材80%以上。
大力实施质量工程，推进本科教学上水平
学校全面实施“质量工程”项目建设工作，通过专业建设、课程建设、教材建设、实验教学示范中心建设、创新实践教学基地建设等，取得了一批标志性的教学成果。截止目前，获批国家级人才培养创新实验区3个，省级创新实验区4个；获批国家级特色专业建设点12个，省级特色专业建设点11个，省级名牌专业11个；获国家教学名师2个，省级教学名师10个；国家级教学团队1个，省级5个；获国家级精品课程6门，省级40门；获国家级双语示范课程1门，省级3门；国家实验教学示范中心1个，省级5个；获批大学生创新性实验计划80项；获批国家级教学成果奖3项，省级教学成果奖40项。
突出学生实践和创新能力培养，构建了产学研紧密结合的实践教学新体系
构建了实践教学新体系。坚持实践教学四年不断线，设置了四个模块、三个层次、十大环节的实践教学体系。
构建了三位一体的实践教学平台。学校按照“立足校内、联系区域、拓宽区外”的建设思路，构建了“校内、杨凌区内、区外” 三位一体的实践教学平台。在校内建设了植物生产园区、动物生产园区、新天地设施生态园；在杨凌区内与企业合作，建立了杨凌本香集团、绿方生物公司、绿嘉农业商贸有限公司等31个实践教学基地；在杨凌区外分层次、分区域，按专业特点建立校企合作基地260个，为学生实践锻炼及就业搭建平台。
搭建了科研训练教育平台。为提高学生科学研究水平和创新能力，学校从2007年开始每年设立“大学生创新性试验计划项目”创新基金100万元，每年资助500余项，近三分之一的学生参与了项目研究。学校每年设立25万元学科竞赛专项经费，鼓励学生积极参加国际、全国及省以上学科竞赛。近5年来，在全国大学生英语竞赛中，获特等奖3项，一等奖20项，二等奖51项，三等奖 79项；在全国大学生数学建模竞赛中，获二等奖4项，获陕西赛区一等奖8项，二等奖11项，三等奖27项；2007年参加美国数学建模竞赛，获二等奖1项，三等奖3项。
强化教学管理，建立了完善的教学质量监控体系
建立和完善了以提高教学质量为目标、以完善教学质量监控体系为核心的一整套教学管理规章制度78项。制定了教师上岗质量标准、教材选用质量标准、课堂教学质量标准、实验教学质量标准、毕业论文（设计）质量标准、课程考试质量标准、体育教学质量标准、军训标准等8个主要教学环节的质量标准，保证了各主要教学环节的教学质量。
建立了处级以上干部听课制度、教学督导制度、学生教学信息员制度、学生评教制度、实习跟踪检查制度，协调和解决教学运行中存在问题，保证教学工作的正常运行。开展了试卷、毕业论文、作业、实验报告、实习报告等专项检查，有效促进了教学档案管理的规范化。（教务处供稿）
学校召开年度教学工作会议
注重基本技能 加强实验教学
近十年来，学校共主编、参编各类教材260余部。其中，国家规划教材43部、获奖教材51部。
重视课堂教学 坚持教授上课
《园艺设施学》、《灌溉排水工程学》、《森林昆虫学》、《普通昆虫学》 、《计算机应用基础》、《葡萄酒工艺学》等六门课程获国家精品课程
