我校是国内第一所由教育和科研单位合并组建的大学，改革没有先例可循，没有成功的模式可供借鉴。正如周济部长所讲，我校的改革是全国高校最为复杂、难度最大的。为此，校党委按国家组建新大学的要求，进行了近一年的调研、论证，引导大家解放思想、超脱旧体制约束，最终确定按“一院制”改革思路。坚持明确目标，突出重点；兼顾各方，和谐发展；稳中求快，分步推进的原则，顺利完成了2所大学和5家科研单位的合并，并实现了科教资源的整合和实质性融合，成为国内由教学和科研单位合并组建大学最为成功的范例。
　
　　在建立与新体制相统一、与学校发展相适应的现代大学管理制度方面，主要进行了以下改革：
　　
　　一是分步推进了校院两级改革，促进管理重心下移。2003年，启动校院两级管理改革，明确了校院两级的责权利，赋予学院在人事、财务、教学、科研、推广等方面的充分自主权。2008年开始，学校以校院两级财务预算改革为突破口，进一步深化校院两级管理改革，在完善学校管理体制方面迈出了更加重要的一步。
　　
　　二是建立完善校级领导体制和管理决策机制。首先，建立党委领导下的校长负责制，明确党委、行政和校长的权责，规范党委常委会、校长办公会等议事决策机制。其次，完善民主管理机制。2005年建立了教代会制度，将职工津贴分配办法等涉及学校长远发展、教职工切身利益方面的重大问题提交教代会审议。其三，强化民主监督，规范辅助决策机构，推进校务公开，建立常委会向全委会、校行政向教代会、校党委向民主党派定期报告工作等制度，实行党委常委联系学院，民主监督体系初步完善。其四，建立健全学术委员会、学位委员会、教学指导委员会等学术评议机构，设立由专家教授组成的行政决策咨询机构，充分发挥了教授治学的作用。
　
　　三是规范院系管理决策机制，实行党政共同负责、教授治学、民主监督。一是建立院系党政联席会议制度，作为学院集体领导的主要形式，是院系决策的最高机构。二是2008年开始试行院系教授委员会制度。明确教授委员会是院系重要学术事项的决策机构和学院重大改革与发展事项的咨询机构。三是建立院系二级教代会制度，每个院系每年必须召开二级教代会。由此形成了党政联席会、教授委员会、教代会和院长四位一体的院系治理结构。
　　
　　四是实施产业、后勤及院外所改制，强化支撑服务功能。首先是推进产业改制。2001年成立了产业集团，2007年完成了校办企业改制，成立了资产经营公司，理顺了学校与企业的产权关系。其次是深化后勤服务改革。2000年成立了后勤集团公司，因校办企业改制，后勤主体功能实际已回归服务，2007年撤销后勤集团公司建制，成立了后勤服务中心，与后勤处实行一套班子，两块牌子，全面承担学校后勤服务工作。第三，完成院外所改制。2007年学校将院外所改制为试验站，作为学校的教学、科研和推广基地，由学校统一管理，统一规划，统一建设。
　　
　　五是持续推进人事与干部制度改革，不断调动全校职工爱岗敬业和工作创新的积极性。2001年进行了第一轮人事分配制度改革，建立了基础工资、岗位津贴和绩效奖励的“三元”工资结构制度。2008年，在全面实行岗位聘用制的基础上，推进了第二轮人事分配制度改革，在教职工收入普遍提高的基础上，进一步向教学科研一线倾斜，重点提高了业绩津贴的分配比例，基本建立起与学校发展相适应、与岗位管理相结合、与工作业绩密切联系的人事分配制度。其次，通过政策导向调整职工队伍结构失衡问题。对工勤人员实行了内退制度；主要向教师岗位进人；原则不留本校毕业生。近年来提高进人门槛，要求新进教师必须是国内外高水平大学的博士毕业生。第三，建立了人才分类评价体系，设立了推广系列、实验系列正高级职称；逐步提高了职称晋升条件，强化了对业绩的考核要求；结合岗位聘任管理严格了指标控制，取消了专职行政管理人员的职称评定。第四，推进了干部制度改革，建立了公开招聘、民主推荐、竞争上岗、聘期管理、轮岗换岗等多项制度，实行了调研员制度。
　　
　　六是不断深化财务管理改革，建立科学规范的财务管理制度。“统一领导、分级管理、集中核算”的财务管理体制，有效整合了各校区的财务，全部执行了高校财务会计制度。考虑到水保所承担知识创新工程的实际情况，暂时保留了相对独立的二级财务。2004年底将单列的基建财务并入计财处；2008年进一步强化了对二级财务的监管，推行了会计委派制，出版社、博览园、动物医院、畜禽生态养殖场等单位的账务由计财处接管。2005年起正式设立了资金结算中心，将60余个银行账户压减到10余个，有效盘活了学校资金，保证了重大建设资金的有效调剂。
　　
　　在财务预算方面，从2003年起对学院实行总额包干、超支不补、结余留用，强化了财务刚性管理。2008年，实行了校院两级预算管理改革，健全了内部审计制度。
　　
　　七是全面推进资源配置改革，盘活资产使用效能。资源配置管理改革按照填平补齐、开放共享、有偿使用的思路逐步推进。2004年起，着重加强校院两级学科共享平台建设，建立了校级生物技术公共大平台和18个学科科研平台，组建了9个校级实验教学中心，在区域产业中心地带建立了面向全校开放的产学研三位一体的试验示范站。从2008年开始，先后启动水电收费改革、公用房屋、试验用地及大型仪器设备有偿使用等改革，最大限度盘活资产使用效能。在资产购置上，建立了严格的招投标制度，大宗物品采购、基建工程及维修项目均通过招投标程序，保证了资金安全，提高了资金使用效益。

2000年7月，学校召开体制改革方案实施动员大会

2002年，学校出台《校院两级管理暂行条例》

2003年，学校咨询委员会成立

2005年，第一届教职工代表暨工会会员代表大会隆重召开

第三次全国高校后勤社会化改革工作会议代表来校考察参观